Obec byla poprve písemně připomenuta až v roce 1362 a následně v roce 1371, ale nálezy dokazují, že zde lidé žili od nepaměti. Blatnička byla původně zapsána pod jménem Horní Blatnice (Platnicz Superior) a patřila k ostrožskému panství. Osud místních byl od roku 1625 spojen s rodem Lichtenštejnů, a to až do vzniku ČSR v roce 1918. Název Horní Blatnice byl nahrazen zřejmě příhodnějším Malá Blatnice, jak je vidět na obecní pečeti z roku 1748. Obyvatelé Blatničky patřili pod farní kostel v Blatnici, ovšem pro velkou vzdálenost se v roce 1935 rozhodli, že si postaví kostel vlastní. Nejstarší obecní památkou je kaplička, která byla postavena v polovině 19. století na místě kapličky starší.